Familja e Muzakajve do të përmendet në histori që në vitin 1081 dhe do të sundojë Beratin në shekujt XIII, XIV dhe XV.
Sundimi i kësaj familje të njohur do të ketë dy periudha të lulëzimit të saj nga viti 1286-1343 dhe nga vitet 1350-1417.
Kryeqendra e kësaj familjeje është Berati, ndaj dhe kjo familje e madhe shqiptare do të identifikohet me qytetin e tyre, pra do quheshin Muzakajt e Beratit.
Dy personalitetet më në zë të kësaj familjeje ishte Gjoni dhe Andrea. Gjatë viteve 1279-1280, ata do të drejtojnë feudalët shqiptarë në luftë kundër anzhuinëve të Napolit. Gjatë këtyre luftimeve Gjon Muzaka do të kapet rob dhe do burgoset në burgun e Brindizit.
Gjatë shekullit XIII, Muzakajt do të zotëronin zonën e Myzeqesë dhe më pas do shtriheshin në Selenicë, Tomoricë, Korçë, Skrapar, Kostur etj.
Kulmin e lulëzimit të tyre Muzakajt e patën në vitin 1335-1372, kur Andrea Muzaka mori titullin Despot nga bizantët, një titull me shumë rëndësi që vinte menjëherë pas perandorit.
Si të gjithë feudalët shqiptarë dhe ai herë do të bënte kompromise me pushtuesit e herë do ngrinte krye. Gjatë viteve 1335-1341 despoti do të vendosej në krye të lëvizjeve antibizantine dhe në 1336 do të njihte mbretin anzhu të Napolit si zot të principatës së tij. Ky i fundit i premtoi Muzakës që do i njihte gjithë titujt dhe gradat.
Muzakajt do të hynin në histori jo vetëm si një familje e madhe shqiptare por dhe për një fakt tjetër të rëndësishëm. Duke parë që Voskopoja ishte një pikë strategjike e udhëve kryesore, Andrea Muzaka formoi qytetin e famshëm që do të njihte disa vite më pas një lulëzim të jashtëzakonshëm.
Pas vdekjes së Andrea Muzaka I, në krye të Muzakajve erdhi djali i tij, Teodori I i cili pati dy djem Mentulin dhe Andrean II, despot i Shqipërisë dhe zot i Kosturit.
Me Andrean II Muzakajt do të shtrinë pushtetin e tyre në fushën e Korçës dhe në Kostur. Në fillim ai do kishte marrëdhënie të mira me perandorin bizantin dhe më pas me Anzhutë, por po kërkonte të shkëputej nga të huajt dhe të krijonte principatën e tij.
Në vitet 1346-1355 Shqipëria do të pushtohej nga serbët. Berati i përkiste Komnenit. Por në 1350-ën despoti Andrea do ta marrë me luftë Beratin, Komnenit. Ky i fundit kishte thirrur për ndihmë kunatin e tij, mbretin serb. Për fat gjatë fushatës serbe kundër Muzakajve, Dushani vdes dhe mbretëria e tij do të marrë rrokëllimën.
Andrea Muzaka do të forcojë sundimin e tij dhe me aleanca dhe lidhje martesore me familjet feudale më të fuqishme si me Arianitët, Balshajt etj.
Por një rrezik i ri i vinte Shqipërisë së atyre viteve. Në vitin 1438 turqit sulmuan Beratin. Forcat shqiptare të drejtuar nga Muzakajt i rezistuan rrethimit turk por banorët u masakruan dhe qyteti u shkatërrua. Që nga ajo kohë Muzakajt do të realizonin një pakt me sulltanin, duke u kthyer në myslimanë dhe duke bërë karrierë.
Por ata do të ishin përkrah Skënderbeut në vitin 1443, duke marrë pjesë kështu në kryengritjen e përgjithshme të Shqipërisë.
Pas vdekjes së Skënderbeut Gjin Muzaka, pjesmarrës i Besëlidhjes së Lezhës, vazhdoi me disa princër të tjerë shqiptarë të luftonte kundër turqve. Edhe pse nga sulltan Mehmeti iu premtuan ofiqe dhe dhurata të shumta, ai vazhdoi luftën.
Me pushtimin e Shqipërisë nga turqit dhe pinjollët e kësaj familjeje të fuqishme do të emigronin në Itali, fillimisht në Napoli dhe më pas në krahina të tjera.
