Komisioni i Von der Leyen ka humbur një çështje të diskutueshme të transparencës së kontratave të vaksinave në prag të një votimi vendimtar në Parlamentin Evropian për të konfirmuar emërimin e saj si Presidente e Komisionit. Gjykata Evropiane e Drejtësisë (GJED) ka anuluar dje një vendim të Komisionit Evropian për të fshehur pjesë të caktuara të kontratave të vaksinës COVID në mes të përpjekjeve të Von der Leyen për të fituar mbështetje për rizgjedhje. Në tetor 2021, eurodeputetët e Gjelbër kërkuan akses në kontratat e vaksinës COVID-19 të negociuara nga Komisioni për të ditur termat dhe kushtet e marrëveshjeve.
Sipas grupit, vendimi për dërgimin e çështjes në Gjykatën e Lartë erdhi pas muajsh korrespondencë me Komisionin Evropian që kërkonte akses transparent në kontratat, për të cilat ekzekutivi dha vetëm versione të redaktuara rëndë. GJED ka vendosur sot se Komisioni nuk i ka dhënë akses të mjaftueshëm marrëveshjeve të blerjes dhe vlerëson se vendimi i ekzekutivit për të publikuar vetëm versione të redaktuara të kontratave përmban parregullsi. Vendimi vjen vetëm një ditë përpara se Parlamenti Evropian të votojë për riemërimin e Von der Leyen.
E lavdëruar në fillim për negocimin e kontratave të vaksinave kundër COVID duke i bërë ato të disponueshme në Evropë, në qendër të vëmendjes u errësua shpejt nga mungesa e transparencës. Sipas Gjykatës, Komisioni “nuk tregoi se aksesi më i gjerë në ato klauzola do të minonte në fakt interesat komerciale të këtyre ndërmarrjeve”. Deri më tani, çështja nuk ka ndikuar në kandidaturën e von der Leyen pasi ajo u bë shpejt nominimi me konsensus midis forcave kryesore politike në mandatin e fundit, EPP, S&D dhe Renew Europe.
