Kisha Shën Maria në Elbasan është një nga kishat më të vjetra ortodokse në Shqipëri. Ajo u ndërtua në gjysmën e dytë të shekullit të XIII në lagjen “Kala” të këtij qyteti.
Sipas arkivave të Vatikanit, më herët, rreth viteve 458-519 flitet për ekzistencën e një katedraleje në qytet.
Por kisha merr një rëndësi të veçantë sidomos pas pushtimit turk. Në atë kohë, banorët e lagjes “Kala” iu drejtuan me një kërkesë Portës së Lartë ku i kërkuan që të mos prishej kisha.
Si rrallëherë në historinë e perandorisë Osmane, Porta e Lartë e mori në konsideratë kërkesën e banorëve të lagjes “Kala”, por vendosi një kusht, kisha nuk do të shembej, por kulla e këmbanës së saj nuk do të ishte më e lartë se sa minaret e xhamive në qytet. Dhe ashtu u bë. Kisha nuk u shemb.
Përreth kishës ndodhej varreza dhe në nder të besimtarëve ortodoksë, u vendos që ata të zhvarroseshin të gjithë dhe eshtrat të vendoseshin në dyshemenë e kishës. Dhe ashtu u bë. 600 skelete njerëzish u sistemuan në dyshemenë e kishës dhe sipas të dhënave ndodhen aty edhe sot e kësaj dite. Gjithashtu nën dyshemenë e kishës Shën Maria ndodhen katakombe dhe tunele të nëndheshme që përfundojnë në male dhe në Shkumbin.
Kisha u dogj në vitin 1818 por u rindërtua në vitin 1826. Ndërtimi i ikonostasit të saj përfundoi në vitin 1833.
